Am 5. Juli 1893 treffen sich insgesamt 28 Bauern zur ersten ordentlichen Generalversammlung der Molkereigenossenschaft Bönen in der Gastwirtschaft Vockelmann. Die Molkereigenossenschaft Bönen setzt sich aus einem Vorstand mit fünf Mitgliedern und einem Aufsichtsrat mit sechs Mitgliedern zusammen. Bereits bei dieser ersten Versammlung wird der Bau einer Molkerei beschlossen. Mit der Fertigstellung des Bauwerks und der Ausstattung mit Maschinen konnte der Molkereibetrieb am 25. Januar 1894 aufgenommen werden.
In den ersten Jahren werden die Molkereiprodukte ausschließlich mit Natureis in einem so genannten Eiskeller gekühlt, der in den Wintermonaten mit Eisblöcken aus den umliegenden Teichen bestückt wird. Im April 1896 wirde die erste Kältemaschine in einer westfälischen Molkerei in Betrieb genommen.
Die erhöhte Produktnachfrage wird bald ein weiteres Bohrloch gegraben, und 1907 wird die Molkerei an das neue Wasserleitungsnetz der Gemeinde angeschlossen und bald eine Verkaufsstelle für Butter, Süßrahm, Voll-, Mager- und Buttermilch eingerichtet.
Ende des Jahres 1903 verarbeitet die Molkerei bereits täglich 1.800 Liter Milch, was 1911 die Anschaffung einer neuen Kältemaschine notwendig macht.
1921schließt sich die Molkerei Bönen der Ein- und Verkaufsgenossenschaft Westfälischer Molkereien in Münster an. Nach wirtschaftlichen Turbulenzen geht die Molkerei ab dem 1. März 1931 wieder in die Regie der Genossenschaft über. In den kommenden Jahren steigt die Zahl der Mitglieder der Molkereigenossenschaft stetig auf 80 im Jahr 1931 Bauern.
Die 1933 eingeführte sogenannte Milchmarktordnung führt zu einer höheren Produktionsmengen. In Bönen verdoppelt die angelieferte Milchmenge und erfordert die Anschaffung eines 6.000-Liter-Milchtanks sowie den weiteren Ausbau der Molkerei und eine eigene Tankanlage.
Beim Bombenangriff auf Bönen am 27. März 1945 entstehen an den Gebäuden und Maschinen der Molkerei erhebliche Schäden.
1960 werden von den inzwischen 320 Genossenschaftsmitgliedern rund fünf Millionen Liter Milch angeliefert. Daraus werden unter anderem 90.000 Kilogramm Butter und 35.000 Kilogramm Schichtkäse, Quark und Speiseeis produziert.
Nach der Schließung der Molkereien in Rhynern (1961) und Hemmerde (1962) erhöht sich die Zahl der angelieferten Liter Milch auf sechs Millionen und überschreitet 1968 die sieben Millionengrenze.
Im September 1971 wird die Kannenanlieferung zur Molkerei eingestellt und durch Sammeltankwagen ersetzt.
Am 1. Januar 1972 fusioniert die Molkerei nach 80 Jahren mit der Milchversorgung Dortmund-Bochum (dobomil).
Im Zuge der Vertriebskonzentration auf ein Zentrallager in Bochum wird 1983/84 die Molkerei Bönen geschlossen, die einst neben der Zeche einer der größten Arbeitgeber der Gemeinde war. DasGebäude wird im Jahr 1986 abgerissen und durch einen Neubau ersetzt, in dem sich heute ein Supermarkt befindet.